Les Muffatti sont nés du désir de jeunes musiciens bruxellois de se doter d'un outil de travail professionnel qui, dans le domaine de l'interprétation de la musique orchestrale baroque, concède une place primordiale à la jouissance de la musique tout en autorisant l'exploration en profondeur de son contenu ainsi qu'une grande minutie artisanale dans son exécution. Leur enthousiasme, leur investissement et leur idéalisme trouvèrent écho en la personne de Peter Van Heyghen qui compléta la formation en en devenant coach et chef d'orchestre. Depuis le concert de lancement à Bruxelles en juin 2004, ils se sont produits ensemble en Belgique, aux Pays-Bas, en France, en Allemagne, en Italie et au Portugal. Ils ont été invités à plusieurs reprises déjà au Concertgebouw de Bruges, au Festival Musica Sacra de Maastricht et aux Festivals de musique ancienne de Bruges et d'Utrecht. Entre 2007 et 2009, Les Muffatti constituent également l'un des ensembles en résidence au Centre de Musique Augustinus à Anvers.

Le nom de l'orchestre fait référence à Georg Muffat (1653-1704), compositeur cosmopolite et source incontournable pour l'histoire des débuts de l'orchestre ; il fut notamment l'un des premiers à établir de façon détaillée les principales caractéristiques différenciant les styles musicaux français et italien. Le premier enregistrement de l'ensemble est consacré à ce compositeur.

L'élément central dans la démarche d'interprétation et la pratique d'exécution des Muffatti est leur aspiration constante à une maîtrise très aboutie d'une gestuelle musicale, qui procède totalement du principe de Théâtralité, omniprésente et inhérente à tout art baroque. Cette ambition, qui en soi dépasse de loin la seule et simple correcte exécution d'une partition, trouve son inspiration dans la conviction profonde que ce langage gestuel et théâtral, tout empreint d'affects et de procédés rhétoriques, n'est pas uniquement une caractéristique incontournable de l'esthétique baroque, mais par là même acquiert un caractère proprement universel. La pratique courante des styles, la maîtrise des techniques de jeu appropriées, l'adoption mûrement réfléchie de l'instrumentarium le plus adéquat constituent pour Les Muffatti non un but en soi mais autant de moyens pour rendre précisément du répertoire historique qui leur tient à cœur une interprétation à même de toucher le public contemporain, de le divertir, de l'émouvoir, de le convaincre.